C’est donc à la fin du XVIe siècle qu’on voit apparaître une autre classe de guerrier, qui remplace celle des bushis : les samouraïs. Etymologiquement, « samouraï » signifie ‘celui qui sert’. Ils constituent une des 4 castes au Japon de l’ère Edo, aux côtés des paysans, des artisans et des commerçants. Alors que le bushi du XIIe siècle est souvent un noble de confiance, le samuraï du XVIe siècle est, lui, considéré comme un serviteur ou un garde du corps. Ancien bushi reconverti, il conserve un certain nombre de prérogatives comme le port du double sable, le privilège de mettre à mort un rival au sein du bas peuple, mais il reste payé en riz. Il perpétue la tradition martiale des bushis et leurs techniques de combats, mais se reconvertit progressivement dans l’administration ou la police (au sens ‘gardien de la sureté publique’). Il est malgré tout mal payé, souvent affamé, peu considéré au détriment d’autres castes de cette société japonaise en transformation.

Progressivement, ces guerriers redoutables vont s’orienter vers l’art. Ils vont aussi entretenir cette culture technique du combat en se focalisant majoritairement vers le sabre, qui devient, dans notre culture populaire occidentale, l’apanage romantique de ces guerriers légendaires (mais qui ne combattaient plus du tout). Les écoles d’arts martiaux apparaissent comme des sanctuaires de l’héritage technique des bushis mais également comme des lieux d’épanouissement personnel. Le samouraï devient également philosophe et envisage sa mort différemment, il y est constamment préparé. « la voie du samouraï se trouve dans la mort » peut-on lire dans le Hagakure (c’est plus facile à dire quand on ne s’affronte pas sur un champ de bataille à chaque belle saison, évidemment).

En 1616, un ouvrage, le Koyô Gunka, va mentionner un terme que résonne encore aujourd’hui chez de nombreux pratiquants d’arts martiaux : le bushido, la voie du guerrier. Derrière ce terme se regroupe une série de préceptes de comportement du samouraï, issue de la tradition des bushis mais également largement imprégnée du Bouddhisme et du Shintoïsme. Ce même code sera malheureusement agité sous le nez des kamikazes lors de la seconde guerre mondiale pour exacerber leur volonté de sacrifice et leur allégeance à la patrie et à l’Empereur.

En 1867, le dernier shogun du Japon remet sa démission à l’Empereur, alors uniquement détenteur du pouvoir spirituel. Celui-ci ne nommera pas de successeur et ouvrira le Japon à l’extérieur après une période renferment sur lui-même. Il abolira en 1870 la caste des samourais définitivement même si l’un d’entre eux, Takamori Saigô, se rebella mais fut finalement mâté.